Bendera Indonesia memiliki makna filosofis. Merah berarti keberanian, sedangkan putih berarti kesucian.[18] Selain itu, warna merah pun dikatakan melambangkan tubuh manusia, sedangkan putih melambangkan jiwa manusia. Kedua warna tersebut dianggap saling melengkapi dan menyempurnakan Indonesia.[19] Menurut Soekarno, kedua warna tersebut berasal dari penciptaan manusia, yaitu merah yang merupakan darah wanita dan putih yang merupakan warna sperma.[20] Di samping itu, menurutnya pun tanah Nusantara berwarna merah, sementara getah tumbuhan berwarna putih dan orang Jawa sudah menyajikan bubur merah putih selama ratusan tahun.[21]

Ditinjau dari segi sejarah, sejak dahulu kala kedua warna merah dan putih mengandung makna yang suci. Warna merah mirip dengan warna gula jawa (gula aren) dan warna putih mirip dengan warna nasi. Kedua bahan ini adalah bahan utama dalam masakan Indonesia, terutama di pulau Jawa. Ketika Kerajaan Majapahit berjaya di Nusantara, warna panji-panji yang digunakan adalah merah dan putih (umbul-umbul abang putih). Sejak dulu warna merah dan putih ini oleh orang Jawa digunakan untuk upacara selamatan kandungan bayi sesudah berusia empat bulan di dalam rahim berupa bubur yang diberi pewarna merah sebagian. Orang Jawa percaya bahwa kehamilan dimulai sejak bersatunya unsur merah sebagai lambang ibu, yaitu darah yang tumpah ketika sang jabang bayi lahir, dan unsur putih sebagai lambang ayah, yang ditanam di gua garba.